40 faglige afdelinger er medlemmer i FH Sektion Fyn:
3F Bygningsarbejderne Fyn
3F Odense Industri
3F Nordhøjfyn
3F Odense GOPS
3F Sydfyn
3F Odense Transport
3F Vestfyn
3F Østfyn
Blik- og Rørforbundet Fredericia/Middelfart
Blik- og Rørforbundet Odense
Blik- og Rørforbundet SKF Fyn/Sydjylland
Blik- og Rørforbundet Syd/Vestfyn
BUBL Fyn
Danmarks Lærerforening Kerteminde/Nyborg/Faaborg-Midtfyn
Danmarks Lærerforening Nordfyn
Danmarks Lærerforening Odense
Danmarks Lærerforening Vends Herredes
Danmarks Lærerforening Vestfyn
Dansk El-Forbund Fyn
Dansk Jernbaneforbund
Dansk Metal Lillebælt
Dansk Metal Odense
Dansk Socialrådgiverforening Region Syd
Dansk Sygeplejeråd Region Syddanmark
FOA Trekanten
FOA Odense
Fødevareforbundet NNF Lillebælt-Fyn
HK Midt
Hærens Konstabel- og Korporalforening
Kost og Ernæringsforbundet Region Syd
Malerforbundet Fyn-Jyllandsyd
Malerforbundet Midtjylland
PMF Fyn
Radiograf Rådet Region Syddanmark
Socialpædagogerne Kreds Lillebælt
Teknisk Landsforbund Fyn
Uddannelsesforbundet
Veterinærsygeplejerskernes fagforening